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当晶体内部有缺陷的时候,怎么计算声子谱??

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背景:我之前很少接触“声子”的概念,最近老板要求,因而恶补了,然而目前来说还是没法达到最终的目的,所以不得的求助各位大虾!!
问题描述:在石墨烯中掺杂C原子形成局部的缺陷,需要求出相应的声子谱和声子态密度的曲线。因为我比较熟悉LAMMPS,因而该软件是我的首选,但是研究之后,发现如果有缺陷(空位或者掺杂)的时候,就不能计算了(但也不排除是我自己功夫不到家:()。主要原因就是需要写一个map.in,里面大致就是一个元胞里面的每个原子的信息,就限制了只能计算晶体的情况。
求助目的:鉴于我自己实在解决不了这个问题,但是又不能拖着,所以希望各位大虾能不能帮助我一下。一方面就是想知道lammps真的不能计算带缺陷的情况吗?虽然这是我目前得到的结论,但是毕竟是刚学习,还是不能肯定。另外一个就是有没有别的方法来解决“在石墨烯中掺杂C原子形成局部的缺陷,需要求出相应的声子谱和声子态密度的曲线”的问题。
拜托各位,集思广益,拜谢!!!
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